Зміст

• Огляд програмного забезпечення
• Підтримувані типи файлів
• Основне розширення файлу
• Інші розширення файлів, що використовуються в Integrated Genome Browser 9

Версія (станом на 29.06.2016 р.)	9
Платформи
Ліцензія	Відкрите джерело
Категорія	Науковий

Докладніше (відвідайте веб-сайт видавця)

Рейтинг: 2.8 / 5 (6 голосів)

Огляд програмного забезпечення

Основні риси

• Підтримує різні формати геномів, такі як GenBank і FASTA
• Взаємодія з даними при масштабуванні та панорамуванні анімацій
• Доступ і завантаження геномів із сайтів QuickLoad
• Перетворення даних у різні форми графів
• Обмінюйтеся даними з співробітниками через Dropbox
• Встановлюйте плагіни для додаткової функціональності

Integrated Genome Browser (IGB) - це програма з відкритим вихідним кодом, яка використовується для перегляду та вивчення великих наборів геномних даних. Ви можете переглядати різні формати даних, взаємодіяти з вашими даними, створювати графіки, зберігати інформацію як зображення та обмінюватися даними з співробітниками.

IGB дозволяє переглядати дані з анотацій і вирівняних послідовностей. Програма підтримує різні формати, такі як FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband і GenBank. Ви можете взяти дані та перетворити їх у різноманітні форми графів, включаючи графіки невідповідності для виділення відмінностей даних та графіків глибини для відображення покриття. Ви також можете взаємодіяти зі своїми даними за допомогою анімації масштабування та панорамування IGB.

IGB надає вам доступ і завантажує геноми з сайтів QuickLoad, які є простими системами каталогів, послідовностей і інших файлів даних для цілей візуалізації. IGB надає розширені функціональні можливості з підтримкою плагінів для додавання функціональності та автоматизації робочого процесу за допомогою сценаріїв. IGB також надає додаткові функції для обміну даними, незалежно від того, чи публікує їх як зображення високої якості JPEG, PNG або SVG, або зберігає дані у Dropbox, щоб надати співробітникам доступ до вашого проекту.

IGB в основному використовуються університетськими дослідниками, біологами та біоінформатиками. Вона надає розширені інструменти для відкриття різноманітних форматів даних геномів, візуалізації даних у вигляді різних графіків та обміну даними з співробітниками. На жаль, програма спирається на гранти для подальшого розвитку, що означає, що підтримка заявки може припинитися в будь-який час. Тим не менш, Integrated Genome Browser все ще здатна, настроювана програма для користувачів, які шукають для вивчення та аналізу даних про геном.

Підтримувані типи файлів

Основне розширення файлу

.XML - Файл XML

Інші розширення файлів, що використовуються в Integrated Genome Browser 9

Підтримувані типи файлів
.BED	Файл доріжок анотації UCSC BED
.DAS	Сесія аналізу DeltaMaster
.A	Файловий файл формату FASTA
.FAS	Файл послідовності FASTA
.ASTA	Файл послідовності FASTA
.GB	Файл даних GenBank
.SGR	Геномний файл SGR
.USEQ	Файл даних генома USeq